Enligt Cuomo undvek de anklagade uppsåtligt att inför aktieägarnas omröstning om förvärvet i december 2008 berätta om de massiva förluster som Merrill Lynch drogs med.
När de anklagade sedan avslöjade hur stora förlusterna var hotade de samtidigt, enligt Cuomo, med att de var tvungna att backa från affären om de inte fick del av USA-regeringens särskilda bankstödsfond.
Kenneth Lewis lämnade chefsstolen hos Bank of America vid årsskiftet och efterträddes då av Brian Moynihan, också han en Bank of America-man.
Moynihan omfattas inte av bedrägerianklagelserna.
Bank of America betalade i början av december förra året tillbaka 45 miljarder dollar som banken fått i stöd bankstödsfonden, Tarp.
