Ingen har blivit skadad i de tre bränderna men enligt departementet har Apple rapporterat om två andra fall där innehavare till Apples Ipod Nano fått lättare brännskador.
Apple har inte velat kommentera uppgifterna officiellt. Men enligt departementet ska bolaget ha uppgett att bränderna kan ha orsakats av defekta batterier. De berörda musikspelarna ska vara sålda i Japan mellan september 2005 och september 2006.
Nu ska myndigheterna starta en utredning om bränderna, och man uppmanar Apple att agera.
- Det skulle vara lämpligt om Apple vidtog några åtgärder för att öka folks medvetenhet, sade en talesman enligt nyhetsbyrån Reuters.
